Il tue aussi l’hydre de Lerne, un serpent à neuf têtes, dont les têtes repoussent doublement lorsqu’on les coupe et dont la tête pensante est immortelle. Héraclès décide de les brûler (ou de cautériser les plaies pour empêcher la repousse), il coupe la dernière et met enfin le feu au corps du monstre. Il aurait pour ce travaux bénéficié de l'aide de son neveux,  Iolaos. Pour finir il trempe les pointes de ses flèches dans le sang du monstre, les rendant empoisonnées.